Hola Pablo:
1. Para que se limite que solo pueda consultar el stock de un almacén especifico, tienes que revisarlos con usuario BASIS para que le limite sus permisos a ese almacén en cuestion.
2. Para que se limite la confirmación ATP de un solo almacén, esto solo se lleva acabo si al crear la orden se le indica el almacén que tu deseas, pero esto no se realiza de manera automática.
Puedes revisar las siguientes notas donde se explica este 1649672&387482 donde se explica esta situación usando la user exit "USEREXIT_SOURCE_DETERMINATION".
Saludos
Jose Antonio