Bom dia Lucas,
Apesar de possível, não é comum que os basis/time de segurança das empresas habilitem o ABAP a fazer chamadas ao sistema operacional pelo risco implícito do desconhecido, e a manutenção deste. Como você comentou é um script e tal...
Não há suporte de transporte, nem controle de versão sobre este desenvolvimento externo...
Mas dentro do SAP o que você precisa é cadastrar o "comando" na SM69, e o usuário que irá executar ter acesso a esta chamada. External Operating System Command: Contents - Configuration - SAP Library
O artefato mais perto do ABAP indicado para realizar FTP é o SAP PI/PO.
Antes de iniciar um desenvolvimento por este caminho, alinha com o time interno da empresa sobre a suportabilidade da solução.
Atenciosamente, Fernando Da Rós